소닉 3 & 너클즈의 레벨 선택은 소닉 & 너클즈의 것과 비슷하다. 엔젤 아일랜드의 줄그네를 잡은 채로 왼쪽, 왼쪽, 왼쪽, 오른쪽, 오른쪽, 오른쪽, 위, 위, 위를 누르면(혹은 치트 코드 FFFFE0:0101을 사용하면) 된다. 링을 먹을 때의 효과음이 재생되면, Start를 누르고 A를 눌러 타이틀 화면으로 돌아가면 된다.
타이틀 화면으로 돌아오면, "사운드 테스트"가 "경쟁" 아래에 나타나있는 것을 볼 수 있다. 이 메뉴를 통해 레벨 선택 메뉴(사운드 테스트 오른쪽 아래)를 열 수 있다. C를 눌러 캐릭터를 바꿀 수 있다(00은 소닉 & 테일즈, 01은 소닉, 02는 테일즈, 03은 너클즈).
이 코드가 활성화되면, 게임을 일시정지할 때 다음 3가지 행동을 취할 수 있다:
A를 눌러 타이틀 화면으로 돌아갈 수 있다.
B를 누르고 있으면 슬로 모션으로 게임이 진행된다.
C를 누르면 1프레임씩 다음화면으로 넘어갈 수 있다.
레벨들에 대한 참고사항:
라바 리프 존 액트 3로는 보스 룸으로 가게 된다. 너클즈는 선택 불가능하다.
라바 리프 존 액트 4로는 히든 팰리스 존으로 가게 된다. 각 캐릭터별로 해당되는 레벨로 들어가진다.
소닉 & 테일즈는 스카이 생추어리 존 액트 1만을, 너클즈는 액트 2만을 갈 수 있다. 반대로는 불가능하다.
너클즈는 데스 에그 존으로 들어갈 수 있으나, 액트 1 보스를 물리치지 못한다(1 페이즈에서 점프력이 모자라 보스를 때리는 것이 불가능하기 때문이다).
더 둠스데이 액트 2는 데스 에그 존의 최종보스로 가게 된다. 너클즈가 이 보스를 물리치면, 게임이 리셋되어 SEGA 화면이 뜨게 된다.
너클즈는 더 둠스데이 존으로 들어가지 못한다. 테일즈는 액트 2로 들어갈 수 있으나, 액트 1으로는 불가능하다.
소닉이나 테일즈가 더 둠스데이 존을 클리어하면, 카오스 에메랄드 없이는 배드 엔딩이 뜬다.
너클즈가 더 둠스데이 존을 클리어하면, 게임이 리셋되어 SEGA 화면이 뜨게 된다.
보너스 1은 반짝이는 구 게임으로 가게 된다. 보너스 2는 슬롯 머신 게임으로 가게 된다. 각 보너스를 클리어하면 재시작된다.
디버그 모드는 머시룸 힐 존으로 들어가서 리프트를 잡은 채로, 왼쪽, 왼쪽, 왼쪽, 오른쪽, 오른쪽, 오른쪽, 위, 위, 위를 누르면(혹은 치트 코드 FFFFE2:0101을 사용하면) 된다. 링을 먹을 때의 효과음이 재생되면, 레벨 선택 화면으로 간 뒤 레벨을 선택하는 동안 A를 누르고 있으면 된다.
일반 모드에서의 디버그 기능들은:
A를 눌러 중력 역전을 시킬 수 있다(아래로 떨어져 죽는것과 같이 위로 계속 올라가면 죽게 된다).
B를 눌러 "편집 모드"로 갈 수 있다. * B + C를 눌러 해당 캐릭터의 애니메이션의 모든 프레임들을 볼 수 있다(게임을 일시정지한 채로 누르면 각 프레임을 차례차례 볼 수 있다). B를 다시 눌러 일반 게임 플레이로 돌아갈 수 있다.
편집 모드에서는:
HUD 윗줄에 16진수 숫자 형태로 현재 물체의 좌표가 표시된다.
HUD 아랫줄에 16진수 숫자 형태로 현재 뷰포트가 표시된다.
A를 누르면 물체의 목록을 차례로 보여준다.
A + C를 누르면 물체의 목록을 거꾸로 보여준다.
B를 누르면 일반 모드로 들어간다.
C를 누르면 현재 존재하는 물체들의 위치를 보여준다.
평소에 갈 수 없는 곳을 디버그 모드로 어떤 레벨, 어떤 캐릭터든 갈 수 있다(위 참조). 어떤 경우에는 캐릭터의 스프라이트가 깨져보인다.
편집 모드일 때 특정한 부분에서(데스 에그의 라이트 튜브 같은 경우) 게임이 충돌하게 된다. 편집 모드일 때 죽는 동안 오브젝트를 놓는 작업도 충돌할 수 있다.
Directly after the regular palette script for the S&K special stage rings is an alternate, unused palette cycle.
It seems the developers originally played around with having the ring simply glow like Super Sonic, rather than the Hyper Sonic-esque rainbow strobe effect seen in the final version.
소닉 3와 소닉 & 너클즈의 두 개의 사용하지 않은 스페셜 스테이지를 숨겨진 치트 코드를 통해 들어갈 수 있다. 먼저 레벨 선택과 디버그 모드로 들어가 사운드 테스트를 07로 바꾸고, A + Start를 "Special Stage 1"에서 눌러 소닉 3의 8번째 스페셜 스테이지로, 혹은 "Special Stage 2"에서 눌러 소닉 & 너클즈의 8번째 스페셜 스테이지로 갈 수 있다.
이 스테이지들을 클리어하면 노란색(소닉 3에서는 회색이었다) 8번째 카오스/슈퍼 에메랄드를 얻게 된다. 하지만, 이 스페셜 스테이지들에서 얻은 에메랄드는 게임상에서 아무런 효과가 없고, 결과 창 혹은 히든 팰리스에서 뜨지 않는다.
소닉 3의 8번째 스페셜 스테이지는 소닉 3에서의 팔레트와 다르다는 것에 주목할 수 있다.
흥미롭게도, 이 존은 소닉 매니아에서 돌아왔고, 소닉 3의 8번째 스테이지의 파란 구 부분이 링으로 교체되어, 완벽한 클리어를 할 수 있도록 만들었다.
Sonic's sprites seem to be the most inconsistent, as many sprites use different, earlier versions of Sonic's head, including a straight edit of Sonic 2's sprite.
Sonic's sprites for running on a vertical corkscrew are the same as the corkscrew running sprite in Sonic 2 but flipped vertically. Oddly enough, they seem to have taken the time to redraw the first three frames of the animation yet left the rest of them untouched. This is strange due to the fact that the sprites for a horizontal corkscrew have been redrawn completely.
This oddity is a leftover from Sonic the Hedgehog 3, which in turn is leftover from the prototype. Strangely, this was not fixed in any version, not even in Sonic Origins.