Mega Man 3 jest powszechnie uważany za jeden z bardziej nijakich tytułów wydanych na DOS. Można to przypisać temu, że jest z recyklingu jak diabli, ma wątpliwy projekt poziomów i jest w jakiś sposób mniej przyjemny niż pierwsza gra Mega Man na DOS.
Zamiast wyposażyć broń i dostać jej paletę kolorów, Mega Man początkowo trzymał broń w dłoni na ekranie 'zdobywania broni'.
Subboss na ostatnim poziomie, CRORQ, jest pilotowany przez naukowca. Jednak w grze nigdy nie zobaczysz, kto go pilotuje, ponieważ maszyna zostaje zniszczona bez śladu.
frklft.vfr zawiera niewykorzystanego wroga, którego powinnimy móc spotkać na ostatnim poziomie, ale nie jest nigdzie umieszczony.
Mega Man 3 ma ten sam kod na niezwyciężoność, co jego poprzednik: wpisz nd w menu konfiguracji początkowej. Podczas działania kodu obok opcji „Start Game” pojawi się litera „n”.
W początkowym menu konfiguracji, naciśnięcie F spowoduje, że ta litera pojawi się obok opcji „Start Game”, podobnie jak w przypadku wspomnianego powyżej cheatu. Jednak w przeciwieństwie do tego wydaje się, że nie ma to żadnego znaczenia w grze.
Podobnie do Mega Man, ta gra ma nieużywany kod, który wydaje się być nieudaną próbą obsługi 16-kolorowego trybu Tandy (09h). Procedura sterownika, znaleziona z punktem wejścia poniżej CS:749Ah, wydaje się wdrażać niekompletny zestaw procedur wideo i nie jest funkcjonalna, prawdopodobnie porzucona na wczesnym etapie rozwoju.
Opcja Tandy zamiast tego wykorzystuje kompatybilny wstecznie 4-kolorowy tryb CGA.
