Mega Man 3 è ampiamente considerato uno dei giochi DOS più fiacchi mai rilasciati. Ciò a causa del fatto dell'essere riciclato da morire, avere un design dei livelli che lascia a desiderare, ed essere tutto sommato meno divertente del primo gioco Mega Man per DOS.
Invece di indossare un'arma ed acquisire la sua palette, Mega Man originariamente la manteneva in mano nella schermata 'arma ottenuta'.
Il sotto-boss del livello finale, CRORQ, è pilotato da uno scienziato. Tuttavia, nel gioco non si vede mai chi è che lo pilota siccome viene distrutto senza lasciare traccia.
frklft.vfr contiene un nemico inutilizzato che sarebbe dovuto apparire nel livello finale, ma non è stato posizionato da nessuna parte.
Mega Man 3 ha lo stesso codice cheat dell'invincibilità del suo predecessore: scrivi nd al menu di setup iniziale. La lettera "n" apparirà a fianco di "Start Game" quando è abilitato.
Al menu di setup iniziale, il premere F farà apparire quella lettera a fianco di "Start Game", in maniera molto simile al cheat menzionato predentemente. Rispetto ad esso, tuttavia, sembra che abilitarlo non faccia nessuna diffrerenza all'interno del gioco.
Come Mega Man, questo gioco ha del codice inutilizzato che sembra essere un tentativo fallito di supportare la modalità a 16 colori Tandy (09h). La routine del driver, trovata con un entry point a CS:749Ah, sembra implementare un insieme di routine video ma non funziona, come se fosse stata abbandonata all'inizio dello sviluppo.
L'opzione Tandy usa invece la modalità retrocompatibile CGA a 4 colori.
